超聲波金屬焊接在發展過程中存在一些不足，值得重視和改進。這些缺點表現在以下幾個方面：
1.組合系統存在問題
超聲波金屬焊接技術在焊接過程中，需要實現各種協同系統的協調，形成一個緊密集成的整體系統，包括超聲波發生器、聲學系統和機械系統。如果整個系統的協調程度不一致，就會導致系統的穩定性、可操作性和可靠性出現問題。
2.焊接機制造困難，對其機理缺乏了解。
由于超聲波金屬焊接技術可以焊接高密度、高厚度的金屬和異種金屬，因此對于實現這一技術的焊機制造要求更高。與傳統焊接機相比，超聲波金屬焊接機的制造工藝難度更大，成本更高，而且由于影響焊接工藝參數的因素很多，不容易理解和總結焊接機的機理。
3.“開放性”差，易產生高頻振動
超聲波金屬焊機“開放性”較差，其延伸尺寸嚴格限制在焊接允許范圍內，其接頭形式仍局限于搭接接頭，尚未在技術上取得進一步突破。同時，超聲波金屬焊接機在焊接接頭的過程中容易產生高頻振動，可能會對工件的邊緣造成損傷，尤其是硬脆材料。
4.檢測困難
由于目前金屬超聲波焊接技術的發展，焊接產品的質量檢測比較困難，其配套的檢測設備還沒有普及，適合傳統焊接工藝的檢測方法也無法應用到新工藝中。檢測技術跟不上批量生產帶來了一定的困難。
